在签订公司整体转让协议时，首先应当明确合同履行主体，即转让方和受让方。双方应详细约定各自的权利和义务，确保在合同履行过程中，责任明确，避免因主体不明确导致的纠纷。具体措施包括：<

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1. 明确转让方和受让方的主体资格，包括企业性质、注册资金、经营范围等。

2. 明确双方在合同履行过程中的权利和义务，如股权转让、资产交付、债权债务转移等。

3. 约定违约责任，确保在合同履行过程中，任何一方违约都能得到相应的赔偿。

二、资产评估与核实

在合同履行过程中，资产评估与核实是关键环节。以下为相关措施：

1. 双方应共同委托具有资质的资产评估机构对转让公司进行资产评估。

2. 评估报告应详细列出资产清单，包括固定资产、流动资产、无形资产等。

3. 受让方应在收到评估报告后，对资产进行实地核实，确保评估结果的准确性。

三、债权债务处理

在合同履行过程中，债权债务的处理至关重要。以下为相关措施：

1. 明确转让公司现有债权债务的归属，确保受让方在接手公司后，不会因债权债务问题而受到影响。

2. 约定转让方在转让前，需将所有债权债务进行清理，避免因债务问题影响公司正常运营。

3. 受让方在接手公司后，如发现新的债权债务，应及时通知转让方，由双方共同协商解决。

四、合同履行期限与进度安排

合同履行期限与进度安排是确保合同顺利履行的重要保障。以下为相关措施：

1. 明确合同履行期限，包括股权转让、资产交付、债权债务转移等具体时间节点。

2. 制定详细的进度安排，确保每个环节都能按时完成。

3. 设立监督机制，对合同履行进度进行跟踪，确保双方按时履行义务。

五、保密条款

保密条款是保护双方商业秘密的重要手段。以下为相关措施：

1. 约定双方在合同履行过程中，对涉及公司商业秘密的信息进行保密。

2. 明确保密信息的范围，包括技术秘密、经营策略、客户信息等。

3. 约定违约责任，确保双方在保密方面严格遵守约定。

六、争议解决机制

在合同履行过程中，难免会出现争议。以下为相关措施：

1. 约定争议解决方式，如协商、调解、仲裁或诉讼。

2. 明确争议解决机构，确保争议得到公正、高效的解决。

3. 约定争议解决期限，避免争议长期悬而未决。

七、合同解除条件

合同解除条件是保障双方权益的重要条款。以下为相关措施：

1. 约定合同解除的条件，如一方违约、不可抗力等。

2. 明确解除合同的具体程序，确保双方在解除合同过程中权益得到保障。

3. 约定解除合同的赔偿标准，确保违约方承担相应的责任。

八、合同附件

合同附件是补充合同内容的重要部分。以下为相关措施：

1. 明确合同附件的名称、内容，确保附件与合同主文相一致。

2. 约定附件的效力，确保附件与合同主文具有同等法律效力。

3. 约定附件的修改程序，确保附件内容得到及时更新。

九、合同生效条件

合同生效条件是合同履行的基础。以下为相关措施：

1. 约定合同生效条件，如双方签字盖章、合同登记等。

2. 明确合同生效时间，确保合同在约定时间生效。

3. 约定合同生效后的法律效力，确保合同履行过程中双方权益得到保障。

十、合同变更与解除

合同变更与解除是合同履行过程中的常见情况。以下为相关措施：

1. 约定合同变更与解除的条件，如双方协商一致、不可抗力等。

2. 明确变更与解除合同的具体程序，确保双方权益得到保障。

3. 约定变更与解除合同的赔偿标准，确保违约方承担相应的责任。

十一、合同履行监督

合同履行监督是确保合同顺利履行的重要手段。以下为相关措施：

1. 设立监督机构，对合同履行过程进行监督。

2. 明确监督机构职责，确保监督工作有效开展。

3. 约定监督机构与双方的权利义务，确保监督工作顺利进行。

十二、合同履行档案管理

合同履行档案管理是保障合同履行的重要环节。以下为相关措施：

1. 建立合同履行档案，包括合同文本、附件、变更记录等。

2. 明确档案管理职责，确保档案安全、完整。

3. 约定档案查阅、复制等权限，确保档案信息得到合理利用。

十三、合同履行后的后续事宜

合同履行后的后续事宜是确保合同履行完整性的重要环节。以下为相关措施：

1. 约定合同履行后的后续事宜，如股权转让登记、资产过户等。

2. 明确后续事宜的办理程序，确保后续事宜得到及时处理。

3. 约定后续事宜的办理期限，确保后续事宜按时完成。

十四、合同履行中的知识产权保护

知识产权保护是合同履行过程中的重要内容。以下为相关措施：

1. 约定知识产权的归属，确保受让方在接手公司后，能够合法使用相关知识产权。

2. 明确知识产权的保护措施，如专利申请、商标注册等。

3. 约定知识产权侵权责任，确保侵权行为得到及时制止。

十五、合同履行中的税务处理

税务处理是合同履行过程中的重要环节。以下为相关措施：

1. 约定税务处理方式，如股权转让税、资产过户税等。

2. 明确税务处理程序，确保税务问题得到妥善解决。

3. 约定税务争议解决机制，确保税务问题得到及时解决。

十六、合同履行中的劳动用工问题

劳动用工问题是合同履行过程中的重要内容。以下为相关措施：

1. 约定劳动用工关系，确保受让方在接手公司后，能够合法使用员工。

2. 明确劳动用工待遇，如工资、福利等。

3. 约定劳动争议解决机制，确保劳动问题得到及时解决。

十七、合同履行中的环境保护责任

环境保护责任是合同履行过程中的重要内容。以下为相关措施：

1. 约定环境保护责任，确保受让方在接手公司后，能够合法合规进行生产经营。

2. 明确环境保护措施，如污染治理、节能减排等。

3. 约定环境保护争议解决机制，确保环境保护问题得到及时解决。

十八、合同履行中的社会责任

社会责任是合同履行过程中的重要内容。以下为相关措施：

1. 约定社会责任，确保受让方在接手公司后，能够积极履行社会责任。

2. 明确社会责任措施，如公益捐赠、员工培训等。

3. 约定社会责任争议解决机制，确保社会责任问题得到及时解决。

十九、合同履行中的法律法规遵守

法律法规遵守是合同履行过程中的重要内容。以下为相关措施：

1. 约定遵守法律法规，确保受让方在接手公司后，能够合法合规进行生产经营。

2. 明确法律法规遵守措施，如合规审查、法律咨询等。

3. 约定法律法规争议解决机制，确保法律法规问题得到及时解决。

二十、合同履行中的信息披露

信息披露是合同履行过程中的重要内容。以下为相关措施：

1. 约定信息披露义务，确保受让方在接手公司后，能够及时了解公司相关信息。

2. 明确信息披露内容，如财务报表、经营状况等。

3. 约定信息披露方式，确保信息披露及时、准确。

上海加喜财税公司（公司转让平台：https://www.nu4.com.cn）认为，在公司整体转让协议中，处理合同履行过程中的风险需要从多个方面进行考虑。以上二十个方面涵盖了合同履行过程中的主要风险点，为双方提供了全面的风险防范措施。上海加喜财税公司作为专业的公司转让平台，将始终秉持公正、诚信的原则，为客户提供优质的服务，助力双方顺利完成公司整体转让。